会社設立、合同会社or株式会社？税金の違いを徹底解説！失敗しないための法人選び

会社設立時に多くの方が悩むのが、合同会社と株式会社のどちらを選ぶかという問題です。

とりわけ気になるのが、税金面での違いでしょう。

この記事では、経験豊富な税理士とSEOコンサルタントの監修のもと、設立時の判断に役立つ情報を徹底解説していきます。

法人形態によって異なる税負担や、業種ごとの最適な選択肢、将来の事業拡大も見据えた判断基準など、全てのポイントを網羅しています。
特に税金面においては、法人税率や消費税、源泉所得税などの具体的な違いを、実際の計算例を交えて分かりやすく説明。

経費処理や節税対策まで、初めて会社を設立する方でも理解できるよう丁寧に解説しています。

この記事を読めば、あなたのビジネスに最適な法人形態を自信を持って選択できるようになります。

株式会社と合同会社の基本的な違い

株式会社と合同会社は、日本の会社法に定められた代表的な会社形態です。

近年、起業時の選択肢として合同会社（LLC）の人気が高まっていますが、それぞれに特徴があり、ビジネスの目的や将来的な展望によって最適な選択は異なります。

設立時の資本金と人数要件

2006年の会社法改正により、株式会社も合同会社も資本金1円から設立可能となりました。
ただし、実務上は会社の信用度や取引開始の観点から、一定額の資本金を用意することが推奨されています。

役員構成と機関設計

株式会社では、取締役の設置が必須であり、事業規模に応じて監査役や会計参与などの機関設置が求められます。

一方、合同会社では社員が業務執行を行う形となり、機関設計の自由度が高いのが特徴です。

社会的信用度の比較

株式会社は日本で最も一般的な会社形態であり、取引先や金融機関からの信用度が高いとされています。
特に上場を目指す場合や、大手企業との取引を想定している場合は、株式会社が選択されることが多くなっています。

合同会社は比較的新しい会社形態であり、フリーランスや小規模事業者の間で人気を集めています。
ただし、金融機関からの融資や大型案件の受注において、株式会社と比べて審査がより厳格になる傾向があります。

なお、合同会社から株式会社への組織変更は可能ですが、その逆は認められていません。

将来的な事業拡大や上場を視野に入れている場合は、この点も考慮に入れる必要があります。

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株式会社と合同会社の税金制度を比較

株式会社と合同会社では、適用される税金制度に大きな違いがあります。

会社設立時の法人形態の選択は、将来の税負担に大きく影響するため、慎重な検討が必要です。

法人税率の違い

株式会社と合同会社は、基本的に同じ法人税率が適用されます。

資本金1億円以下の中小企業の場合、年間所得800万円以下の部分には軽減税率15%が適用されます。

消費税の違いと免税事業者

消費税に関しては、株式会社・合同会社ともに年間売上高1,000万円以下の場合、免税事業者となることができます。
ただし、設立1期目と2期目は自動的に免税事業者となります。

課税事業者となった場合は、以下のような申告方法を選択できます。

• 原則課税方式
• 簡易課税方式（年間売上高5,000万円以下）

役員報酬にかかる税金

役員報酬の課税方法は、株式会社と合同会社で異なる部分があります。
特に合同会社の社員給与は、原則として賞与として扱われる点に注意が必要です。

役員報酬の損金算入

株式会社の場合、定期同額給与として支払われる役員報酬は、全額が損金算入可能です。

一方、合同会社の社員報酬は、利益分配的な性格を持つため、一定の制限があります。

源泉所得税と社会保険

役員報酬に対する源泉所得税は、株式会社・合同会社ともに給与所得として扱われ、原則として以下の税率が適用されます。

社会保険については、株式会社の場合、原則として役員も被保険者となりますが、合同会社の業務執行社員は、原則として国民健康保険や国民年金の加入となります。
ただし、一定の条件を満たせば、厚生年金保険や健康保険に加入することも可能です。

合同会社から株式会社への変更と税金

合同会社（LLC）から株式会社への組織変更は、事業規模の拡大や社会的信用度の向上を目指す企業にとって重要な選択肢です。
この変更には特定の法的手続きと税務上の考慮事項が伴います。

組織変更の手続き

組織変更には、社員全員の同意が必要となります。

変更手続きには以下の書類提出が求められます。

組織変更時には、最低資本金として1円以上の資本金が必要です。
ただし、取引先や金融機関との関係を考慮すると、500万円以上の資本金を確保することが推奨されます。

変更時の税務処理

組織変更時の税務処理には特に注意が必要です。

合同会社から株式会社への組織変更は、税務上「非適格組織変更」と「適格組織変更」に分類されます。

◇ 適格組織変更の要件

• 変更前後で実質的な事業内容が同一であること
• 変更前の社員が変更後も継続して株主となること
• 変更前の社員の持分割合が変更後も維持されること

適格組織変更の場合、資産の譲渡損益は計上不要となり、税務上の帳簿価額を引き継ぐことができます。

一方、非適格組織変更の場合は、時価による譲渡損益の計上が必要となります。

また、組織変更時には消費税の届出書の提出も必要となります。
特に免税事業者であった合同会社が、株式会社への変更後に課税事業者となる場合は、速やかに「消費税課税事業者選択届出書」を提出する必要があります。

変更後の株式会社では、役員報酬の設定方法も変更されます。

定期同額給与や事前確定届出給与などの制度を活用することで、役員報酬の損金算入が可能となります。ただし、これらの制度を利用するためには、適切な社内規程の整備と税務署への届出が必要です。

税務調査への対応も重要なポイントとなります。

組織変更時の会計処理や税務申告について、適切な書類の保管と根拠資料の整理が求められます。
特に以下の書類は重要です。

• 組織変更時の資産評価資料
• 税務申告書と添付書類
• 勘定科目の引継ぎ資料
• 株主資本等変動計算書

法人形態別の経費処理の違い

株式会社と合同会社では、経費処理の基本的な考え方は同じですが、実務上いくつかの重要な違いがあります。

ここでは、両者の経費処理における特徴と注意点を詳しく解説していきます。

経費計上できる項目

株式会社、合同会社ともに、事業の遂行に必要な支出は経費として計上できます。
ただし、計上方法や取扱いには以下のような違いがあります。

特に注目すべき点として、合同会社では経営者への報酬を「給与」として処理できる柔軟性があります。

一方、株式会社では役員報酬として厳格な規定に従う必要があります。

青色申告制度の活用

両形態とも青色申告制度を利用できますが、活用方法に違いがあります。

株式会社では複式簿記が必須となりますが、合同会社では一定の条件下で簡易な記帳も認められています。

青色申告のメリットとして、以下の項目が挙げられます。

• 欠損金の繰越控除（最大10年間）
• 各種引当金の計上が可能
• 減価償却費の計上
• 純損失の繰戻還付制度の利用

節税対策のポイント

両形態で活用できる主な節税対策は以下の通りです。

特に合同会社では、経営者の自宅の一部を事務所として使用する場合の経費計上が比較的容易です。

一方、株式会社では使用実態の証明がより厳格に求められます。

また、両形態とも中小企業向けの各種税制優遇措置を活用できます。

例えば、中小企業投資促進税制や所得拡大促進税制などが該当します。
ただし、株式会社の方が一般的に優遇措置の適用要件を満たしやすい傾向にあります。

さらに、経費処理における重要なポイントとして、帳簿や証憑書類の保管があります。

法人税法上、原則として7年間の保存が必要です。

電子帳簿保存法に対応したクラウド会計ソフト「freee」や「マネーフォワード」などの活用も効果的です。

業種別に見る株式会社と合同会社の選び方

業種によって最適な法人形態は異なります。

ここでは主要な業種別に、株式会社と合同会社のメリット・デメリットを詳しく解説していきます。

小売業・サービス業の場合

小売業やサービス業では、お客様や取引先との信用関係が重要です。

株式会社は一般的に社会的信用度が高く、取引先の新規開拓がしやすいというメリットがあります。

特に実店舗を構える場合は、株式会社が選ばれることが多く、テナント契約や決済代行サービスの契約もスムーズです。

IT・コンサルティング業の場合

IT業界やコンサルティング業では、個人の専門性が重視される傾向にあります。

スタートアップとして始める場合は、合同会社が適している場合が多いでしょう。

特にクラウドサービスやSaaSビジネスを展開する場合、MVP（最小限の製品）段階では合同会社として始め、事業拡大時に株式会社へ組織変更するケースも多く見られます。

不動産業の場合

不動産業界では、取引金額が大きく、契約における信用力が重要となるため、株式会社形態が推奨されます。
ただし、不動産投資を目的とした法人設立の場合は状況が異なります。

不動産投資においては、オーナーズビル、アパート、マンションなどの収益物件を所有する場合、合同会社形態でも十分な運営が可能です。
ただし、将来的な事業拡大や金融機関からの融資を検討している場合は、株式会社形態が望ましいでしょう。

大手不動産会社との業務提携や、不動産特定共同事業法に基づく事業を行う場合は、法規制の観点からも株式会社形態が求められることが多くなります。

まとめ

株式会社と合同会社の選択は、事業規模や将来の展望によって大きく変わってきます。

株式会社は設立時のコストは高いものの、大手企業との取引や資金調達において有利に働きます。

一方、合同会社は設立が容易で運営コストも抑えられ、フリーランスや個人事業主からの法人化に適しています。

税制面では、法人税率は同じですが、役員報酬の処理方法や経費計上の柔軟性に違いがあります。

近年では、楽天やサイバーエージェントなどの大手企業との取引を見据えて株式会社を選択する起業家が増加傾向にある一方、クラウドソーシング事業者やIT個人事業主の間では、合同会社を選択するケースも増えています。

将来的な事業拡大を考える場合は、組織変更の手間やコストも考慮に入れ、慎重に選択することをお勧めします。